Martim Afonso de Sousa entdeckte diese kleine Insel in der Nähe von Salvador im Jahre 1531 und nannte sie  Tynharéa, später umbenannt in Tinharé.

Aufgrund seiner speziellen geographischen Lage wurde die Insel Opfer zahlreicher Angriffe durch französische und holländische Schiffe. Auch wurde Sie ein wahres Freiland für Piraten während der Kolonialzeit.

Die regionalen Einwohner bewohnten die Insel bald, und im Jahre 1535 entstand das kleine Dorf Morro de São Paulo auf der Nordseite der Insel.

Morro de São Paulo beschützte die Bucht Baía de Todos os Santos, strategischer Eingang zum Kanal von Itaparica, und unterstützte das kleine Fort Santo Antônio (heute der Farol da Barra, der Leuchturm von Barra).
Auch wurde der Kanal von Tinharé ein wesentlicher Versorgungsweg der Produktionszentren der damaligen Hauptstadt Salvador.